Una vez comprobado que las deudas desorbitadas del C.D. Málaga y la malísima campaña deportiva del último año, que llevaron al club a segunda división B, impedían poder salvar la situación, hicieron que todos miraran al filial como último salvavidas del fútbol en Málaga, y así convertirlo en el máximo representante deportivo de la ciudad. El primer paso a realizar era el de emanciparlo de su progenitor antes de firmar la desaparición de éste, ya que si no lo hubiese hecho habrían corrido la misma suerte que él.

     La temporada de 1992 del Atl. Malagueño, era bastante prometedora en el plano deportivo, ya que los jóvenes jugadores del filial habían conseguido clasificarse para la liguilla de ascenso a la segunda división B, sus rivales fueron: San Roque, Conquese y Plasencia. Pero estaba escrito que 1992 no podía traer nada bueno para la ciudad de Málaga y no conseguimos pasar la fase de promoción (quedó segundo detrás del San Roque), lo que nos obligaba a que empezara en su nueva andadura como máximo represéntate futbolístico en tercera división.

     Se creó una comisión gestora para regir los destinos del primer club de Málaga, poniéndose al frente D. Antonio Domínguez, gran personaje de nuestra ciudad, que pensaba, no sin razón, que los jugadores nacidos en ella defendían y luchaban por los colores blanquiazules con una mayor fuerza y tesón. 

     Empezó la temporada de 1993 con el Atl. Malagueño en 3ª división grupo IX, como cabeza de familia del fútbol en Málaga, sin hacer ningún cambio tanto en jugadores como en el entrenador, Fernando Rosas. El objetivo era claro, subir a segunda B, no valía otra opción, una gran presión sin duda para unos jugadores tan jóvenes (todos ellos procedentes de la cantera). Pero supieron afrontar el reto de una forma casi escandalosa ya que arrasaron ganando 28 partidos de 38, que jugaron y solo perdiendo 2 encuentros, siendo algunos resultados abultadísimos a favor de nuestro club.

     Esta maravillosa campaña nos convertía en campeón de 3ª división, lo que nos permitía otra vez jugar la liguilla de ascenso, frente a: Cristian Lay, Manzanares y Mairena. Y por fin llega la primera alegría después de tantas lágrimas, conseguimos el deseado ascenso a 2ª división B grupo IV. Toda la ciudad chilló de rabia deseosa de celebrar el ascenso de su club.

     Comienza la campaña 1994, se volvió a confiar en los jóvenes jugadores que tan brillantemente habían conseguido el ascenso en la temporada anterior, sólo reforzando la plantilla con unos cuantos jugadores nuevos para darle la experiencia necesaria en la nueva categoría. No hay que decir que, con las ideas de la directiva existente, los nuevos jugadores también habían nacido en nuestra provincia (Rafa Muñoz, Juanma, Almagro, ...). Un equipo entero de jugadores malagueños.

     La falta de experiencia y la mala suerte de comienzo de liga, hizo que el club volviese a tercera división. Se intentó enderezar el rumbo trayendo a nuevos jugadores a mitad de temporada siendo el más relevante Husillo, jugador argentino que había pertenecido al desaparecido C.D. Málaga en las temporadas 1985 a 1989. Se cambió dos veces de entrenador, primero con Antonio Montero "Nene" y a falta de 4 jornadas, con Javier Ortiz "Kempes". Todo fue inútil y Antonio Domínguez Martín dimitió como presidente del club sustituyéndole su vicepresidente José Antonio Ruiz Guerra.

     Al año y medio de la desaparición del C.D. Málaga, el Atl. Malagueño también desaparece, auque no de una forma tan dramática como su padre. Muchos socios y directivos pensaban que el equipo representativo de la ciudad tenía que tener escrito el nombre de ella, que no es otro que el de Málaga.

     Se hicieron muchas gestiones y preguntaron si era posible este cambio de denominación. El 19 de diciembre de 1993 se realiza un referéndum para preguntar a los socios si desean el cambio de nombre, el resultado fue aplastante, dando el recuento de votos los siguientes resultados: 1697 a favor y 251 en contra.

     Sólo 48 horas después en asamblea, autorizaron que el nuevo Málaga se constituyese como Sociedad Anónima Deportiva con un capital social de 49 millones de pesetas.

     El 30 de Junio de 1994 nació el Málaga C.F. SAD., tras la firma en la notaria de Don Cayetano Utrera de los documentos acreditativos, siendo el primer presidente de la nueva entidad Federico Beltrán.

    Tabla temporadas disputadas por el Atl Malagueño. En ella sólo aparecen los encuentros jugados en liga.

Atl. Malagueño	J.	G.	E.	P.	G.F.	G.C.	Div. Cla.
Temporada 92-93	38	28	8	2	93	22	3ª 1/20
Temporada 94	38	8	11	19	34	53	2ªB 18/20
Totales:	76	36	19	21	127	75